SDS se močno veže na pozitivno nabite in hidrofobne ostanke beljakovin preko svojih sulfatnih skupin in alkilnih verig 13 V skladu s tem, je dragocen detergent na področju strukturne biologije in študij zlaganja/razvijanja beljakovin.
Kaj SDS naredi beljakovini?
SDS je amfipatska površinsko aktivna snov. denaturira beljakovine tako, da se s svojim ogljikovodikovim repom veže na beljakovinsko verigo, izpostavi normalno zakopane regije in prevleče beljakovinsko verigo z molekulami površinsko aktivne snovi. Polarna skupina SDS dodaja dodatno prednost uporabi tega denaturanta.
Kako se SDS veže na aminokisline?
SDS ima hidrofobni rep, ki močno sodeluje z beljakovinskimi (polipeptidnimi) verigami. Število molekul SDS, ki se vežejo na beljakovino, je sorazmerno s številom aminokislin, ki sestavljajo beljakovino Vsaka molekula SDS prispeva dva negativna naboja, kar presega vsak naboj, ki ga lahko ima beljakovina.
Ali SDS prekriva beljakovine?
SDS tudi prevleče protein z enotnim negativnim nabojem, ki prikrije intrinzične naboje na R-skupinah. SDS se dokaj enakomerno veže na linearne beljakovine (okoli 1,4 g SDS/1 g beljakovin), kar pomeni, da je naboj proteina zdaj približno sorazmeren z njegovo molekulsko maso.
Kako SDS daje beljakovinam negativen naboj?
SDS je detergent, ki vsebuje dolgo alifatsko verigo in sulfatno skupino. Ta detergent sodeluje z denaturiranimi beljakovinami , da tvori močno negativno nabit kompleks (negativni naboj, ki izhaja iz SO42 − skupine varnostnega lista). Beljakovine se najprej denaturirajo s toploto, nato pa se doda SDS v velikem presežku.
